被怒火吞噬灵魂的缇娜，为了复仇而注射了能使身体变强的病毒-生命之树，可代价是失去理智。经过玛雅分队的奋力战斗，敌我不分的缇娜倒下了。她的人生境遇，留给联盟战士无尽的叹惜。

　　然而，战斗并没有终结。新病毒的出现让联盟感到无尽的恐惧。生命之树，The-Company的至宝，可以制造存在意识，并具备超能力僵尸的完体基因病毒。这意味着更强大的敌人正向联盟发起挑战。

　　根据坐标的指示，潜龙小队来到日本海东部一座非常偏远的岛屿上。全副武装的队员在一座古香古色的码头顺利登陆，而接下来的景象，让所有队员都惊呆了。

　　码头通过一条蜿蜒的小路，与一座建有多幢日本战国时代建筑的小村庄相连。远远望去，一座古典的城堡在山间若隐若现。

　　更令人惊讶的是，在沿路及村庄里，游走着许多――放佛是500年前穿越而来的日本人，他们有的是战国时代的武士，穿着古朴的盔甲。有的是古典的艺妓，手持表演的折扇――不过，他们都不是正常的――人，而是满脸狰狞，全身布满血丝腐肉的恐怖僵尸！

　　为追寻The-Company的至宝，生命之树的下落。潜龙分队"穿越"了时空，来到500年前的日本遇到了满脸狰狞，全身布满血丝腐肉的恐怖僵尸！有些穿着古朴的盔甲仿佛一名战国时代的武士。有的是古典的艺妓，手持表演的折扇。

　　但是这个岛上仅仅只有这些小喽啰吗？并不是的，在这些小喽啰之上还有支配着它们的四名强悍的BOSS！

　　在岛上养蜂场里受到感染而异变的鬼翼蜂王，变异后体型超出了普通蜜蜂上千倍，更是强化了蜂王在空中作战的能力。对于潜龙队来说这无疑是一个来自天空的威胁。

　　然而The-Company也利用了僵尸病毒培育了一只名叫鬼甲蟾蜍的恶心巨怪，此巨怪身体厚重，更可以张开它那巨大的嘴巴把人像小蚊子一样吸进肚中。除了鬼甲蟾蜍外，The-Company也训练了一名人型的僵尸杀手——鬼舞樱，她的原型是一名手执折扇、纸伞的艺妓。她既可以分身进行快速移动，也可以合体发动强劲的攻击，擅长多种攻击方式。

　　最强的BOSS是岛上癸城的领主，世代居住在癸城中央的城堡中。武藏将军擅长战刀、长枪、大弓和操作弩车，身披代代相传的金钢板甲，并着一幅鬼面战斗，是无坚不摧强壮武者，于是他有了一个外号：鬼面武士。